エラーの出るときにどこを参照しているか。ということを追ってみていると、   
やっぱり予想通り、通常のプロセスがいじれないようになっている部分をさわっていました。
いじっている部分だけさわれるようにアクセス権限を設定し直したら、問題なく動き始めた・・。   
というところです。
これの設定を変更すると、
Effect PresetRenew とか、   
Load Effect CurrentName とか、    
SaveCurrentMode Open とか、    
Save Effect CurrentName とか    
Set FF Rec とか。
また、ゲーム起動中に出てくる、このパッドドライバからのエラーも消えます。   
ただ、レジストリをいじるので自己責任で。
設定方法
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レジストリ操作は、正しくやらないとWindows が動作不安定になる可能性があります。    
編集は自己責任で。    
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単純明快に。
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\PSXGamepadEnabler   
に対して、サブキーも含めて Everyone 権限を与える。 以上。
わかりやすく書くと。
1.レジストリエディタ (&systemroot&\System32\regedit.exe) を実行して、
2.HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\   
を開く。(左側のリストで、上から同じ名前の物をどんどん開いていけば大丈夫です。エ クスプローラのフォルダを開いていく要領。 怖くなったらステータスバーをみる。)
3.PSXGamepadEnabler を右クリック -> アクセス許可 -> 詳細設定 -> 「追加」 –>   
選択するオブジェクト・・・ に「everyone」と入力 -> OK –>    
アクセス許可 について、フルコントロールの許可にチェック。 -> OK –>    
すべての子孫の既存の・・・ のチェックを入れる -> OK -> OK
この3ステップです。
終わりましたら、コントローラの設定をいじってみてください。エラーが出ずに、素直に設定を聞いてくれるようになっているはずです。
追記:
PSXPAD のサイトがつぶれまして、PSXPADで検索しますとこの記事がなぜか出てきますので、   
Internet Archives 上にあります PSXPAD のダウンロードリンクを書いておきます。