いろいろとオンラインソフトウェアを見てみましたが、
携帯動画変換君
http://www.nurs.or.jp/~calcium/3gpp/こちらのソフトウェアをご利用になってはいかがでしょうか。
携帯の機種によってファイルのフォーマット等多少違うようですので、
こちらのソフトウェアをお使いになった方がよろしいかと思われます。
もし、このソフトで対応できないファイルを変換したいという場合には、
ファイルをこのソフトで対応できるような形式に変換するソフトウェアを作成したいと思います。
ソフトウェア作者としての回答として不適切かもしれませんが、
今はこちらのソフトウェアをお使いになった方がよいかと思われます。